Její princip je totiž vskutku jednoduchý, přitom dosti chytlavý a zajímavý – oproti prvnímu dílu však prakticky nezměněný, což se netýká lehké úpravy vizuální stránky a nového módu.
Ve svém principu se Bacteria řadí ke hrám jednodušším. Základem je hrací plocha, na níž jsou rozeskládány bílé puntíky. Jak si jistě všimnete, nejde o tečky obyčejné. Na každé z nich je totiž umístěna drobná šipečka, ukazující do jednoho ze čtyř možných směrů. Na dané ploše se utkávají celkově dva hráči, přičemž cílem není nic jiného, než absolutní eliminace protivníka.
Té lze dosáhnout pouze jediný způsobem a sice získáním celého prostoru pro sebe. Jak na to? Neprve začínáte s minimem zelených puntíku, přičemž protivník hraje s tečkami červenými. Jeden z již zelených puntíků si tedy vyberete a klikem jej pootočíte o devadesát stupňů proti směru chodu hodinových ručiček. Mějte však na paměti, že jde o hru logickou, tudíž nelze jen tak hýbat s kterýmkoliv kouskem vás napadne. Lze totiž uvažovat takticky, vzhledem k tomu, že posunout je výhodné nejlépe tu částečku, která po otočení bude směřovat do puntíků dosud neoznačených zelenou barvou či třeba i těch protivníkových. V takovém případě se totiž ona tečka přebarví do zelena a s ní rovněž i další okolní, které na sebe nějakým způsobem ukazují, tudíž si v případě správného tahu můžete na konto připsat velkou část z hrací plochy. Chce to však dostatek cviku a velkou dávku štěstí, které bude potřeba zejména v konečných fázích hry, kdy se bojuje o vskutku obrovské kusy a vyhrává prakticky ten, komu zbude poslední dobře natočený puntík.
Mód Arcade pak hru ještě dále obohacuje o nové, někdy zlehčující, jindy naopak ztěžující prvky. Jedná se kupříkladu o do cesty postavené zdi, přes něž se tečky nedotýkají a tudíž ani nerozšiřují či třeba bomby, jejichž prostřednictvím se barva rychle šíří. K dispozici je celá sada levelů se stupňující se náročností. Kdyby vás nakonec omrzela i tato část, vždy je připraven i multiplayer.