Problém vlastně ani nebude si s přihlédnutím k názvu představit, co se bude během celé herní doby dít. Vše se totiž točí okolo malých kostiček, což je právě v překladu z angličtiny název projektu, Boxes. Vás bude převážně zajímat jedna jediná kostička a s tou budete manipulovat po herním prostředí za použití kurzorových kláves. Po položení základního koberce kostiček bude ta první, která spadne shora a usadí se na herní obrazovce. Odlišená je samozřejmě i barevně, abyste neměli problém ji poznat i v momentě, kdy bude již obrazovka jinými předměty doslova přeplněna. A tato chvíle na sebe nenechá dlouho čekat.
Vlastně od té doby, kdy se na herní ploše objevíte jako jedna jediná kostka, začnou z horní strany obrazovky dolů padat také další kostičky přibližně stejné velikosti. Ty se vyskytují tak nějak náhodně a tedy nejde dopredu odhadnout, kam budou padat. Také jejich množství není konstantní a občas se vyskytne malá mezera, jindy naopak padá hned několik najednou a je problém jim uhnout. Ano, to bude váš primární úkol, neboť pokud by na vás kostka opravdu spadla, znamenalo by to okamžitou smrt a tedy konec hry. Zde si neodpustím malou kritiku této části hry, kde se zapisujete do tabulky nejlepších hráčů a máte možnost odeslat své skóre do tabulky online. Nutnost odklikávání této části a pomalé animace je poměrně nepříjemné, zvlášť když jste začátečníci, moc se vám nedaří a umíráte opravdu často.
Boxes ale nezůstalo u základního konceptu uhýbání před kostkami a tak se vám během celé doby odemykají desítky cílů, jež ale musíte v prvé řadě splnit. Pak přečkáváte vlny nepřátel a uhýbáte před lávou. Občas se pod vámi objeví kostka, která je vlastně časovaná bomba s trhne s sebou kousek herního pole (pokud budete neopatrní tak i vás). A to vše během toho, co se budete pokoušet vyškrábat nahoru, přičemž za každý stupínek dostáváte dodatečné body. Pokud vystoupáte do určité výšky, změní se úhel kamery a z vašeho nejvyššího patra je rázem to nejnižší a jede se jakoby nanovo, jen s vyšší obtížností a novými možnostmi.